《三国群英传 3》在群英系列中无疑是一部杰出的作品，受到了众多玩家的喜爱。然而，尽管它在画面和游戏玩法方面都有着出色的表现，且相对于前作有所创新和改进，但仍有一些不足之处被一些玩家所诟病。
首先，每月的内政操作显得相当繁琐，每次下达指令都需要消耗政令，这无疑增加了游戏的复杂性。这种政令系统的设定虽然与城池数量有关，但在许多玩家看来，它依然是一个相当麻烦的设定。如果《三国群英传 3》能够摒弃这种依赖政令的内政方式，改为一季度或一年内政一次，无疑会大大提升游戏体验。
此外，每月内政还导致了游戏时间变得特别慢。在《三国群英传3》中，在野武将的登场时间都是固定的，这导致玩家在玩前面两个剧本时，即使快通关了，还有很多名将未能见到。为了等待这些出场时间迟的在野武将，玩家不得不无聊地消磨时间，这和玩《霸王的大陆》时的体验基本一样。如果能够将武将的出场时间提前，或者对内政进行一些修改，让游戏时间加快，这个问题就能得到解决。
另外，游戏中的一些设定也让人感到不太满意，比如父子不能同台的设定。这一设定在《三国群英传3》中尤为明显，例如文鸯，在“天下归魏”剧本中这种情况更多。这一设定导致玩家想要搜集所有武将几乎是不可能的。如果游戏能够改变这一设定，让父子同台，无疑会大大提升游戏的吸引力。
此外，战场中的战棋设定也让一些玩家感到不太满意。这一设定与《霸王的大陆》中的玩法有些相似，虽然是一项很好的改变，但由于敌方不懂变通，导致玩家的体验感较差。如果游戏能够取消战棋玩法，变为群英系列的正统直接开打，可能会更好。
然而，除了上述所提到的缺点外，《三国群英传 3》其实也存在诸多优点。其中最为优秀的地方便是为武将加入了必杀技，这使得武将在战场上的表现更为华丽绚烂。而且群英 3 的必杀技并不像后续作品那般夸张，它能够在一定程度上提高武将的作战能力，但又不会对战场起到决定性作用（单挑情况除外），这使得游戏更加平衡。
此外，多部队一起攻城也是很好的设定，一次最多可以排15位武将出征，这让很多本来只能坐板凳的名将得到了发挥。战场小兵的发挥也是值得肯定的，一个武将最多可以带400小兵，这使得小兵在战场上显得尤为重要。而且，不管是小兵还是武将，在战场上都不是那么僵硬，反而显得很灵活，打击感也是历代最好的。
综合来看，《三国群英传 3》是一部优秀的作品，如果能够将上述缺点进行改进，那么这部作品无疑将成为神作。
